La transparencia es uno de los valores que definen la identidad de Fundación Banco Santander. Por este motivo publica en su web información actualizada sobre sus órganos de dirección y gestión, su código de buen gobierno, sus medidas de prevención de blanqueo de capitales y de financiación del terrorismo, y los documentos relativos a la administración de sus cuentas anuales (informes de auditoría y memorias económicas).
Su funcionamiento es evaluado periódicamente por Lealtad Instituciones, entidad independiente que acredita las buenas prácticas del sector fundacional. Los informes elaborados por esta organización, que certifican el cumplimiento por parte de la Fundación de los principios de transparencia, pueden consultarse asimismo en su página web.